Aquários montados segundo as técnicas do sistema Berlin, não costumam contar com substrato de nenhum tipo, caracterizando-se pelo fundo completamente nu ou quando muito, contam com uma fina camada de 1 a 2 cm de cascalho de coral ou de Halimeda cobrindo o vidro. Entretanto, a exemplo do aquário de água doce, o substrato no aquário marinho, cumpre inúmeras funções de extrema importância, destacando-se a função estética, a função de habitat, nicho ecológico ou abrigo para inúmeros organismos bentônicos, a função de meio de suporte para colonização por bactérias e em última análise, a função de reservatório de calcário para lastro do sistema tampão. Sendo assim, na maioria das montagens adotadas em nosso país é utilizado um sistema híbrido, tentando-se obter as vantagens de vários sistemas diferentes.

Porém, para a manutenção de um valor adequado de reserva alcalina, não basta apenas a utilização de um substrato calcário, como se acreditou durante muito tempo. Na realidade, este tipo de substrato, especialmente quando novo, diminui a reserva alcalina, ao agregar, quimicamente, o carbonato de cálcio, retirando-o da solução. Felizmente com o passar do tempo, essa tendência a absorver o cálcio, diminui consideravelmente.

Muitos materiais são recomendados como substrato para aquários marinhos, tais como o cascalho de conchas, cascalho calcítico ou dolomítico, areia de Halimeda, cascalho de aragonita e especialmente o cascalho de coral, porém todos estes materiais podem manter, na melhor das hipóteses, um pH médio de apenas: 7.8. A diferença deverá ser compensada com o uso de tamponadores comerciais ou de preparação caseira, ou ainda, com aparelhos denominados reatores de cálcio. Os tamponadores podem ser adicionados diretamente á água do aquário ou na água de reposição.

O substrato marinho tem, paradoxalmente, uma função secundária muito importante, constituindo-se em verdadeira “armadilha” química, para os íons fosfato, os quais se ligam aos carbonatos de Cálcio e de Magnésio que compõem o cascalho, sem afetar as concentrações de carbonatos e bicarbonatos em dissolução na água, auxiliando - de certa forma - a preservar o sistema tampão.